가맹점 로열티 부가세 공제 문의

요식업 프랜차이즈 가맹점주 2년차입니다. 본사에 매출의 5%를 로열티로 내고 있는데, 세금계산서에 부가세가 포함되어 발행됩니다. 알아보니 로열티는 부가세 과세 대상이라 매입세액으로 공제 가능하다고 하는데, 맞는지 확인이 필요합니다. 다만, 본사가 매출 정산 시 로열티를 별도로 청구하지 않고, 필수품목 대금에 끼워서 계산서를 끊는 경우가 있어 정확한 공제 금액을 산정하기 어렵습니다. 이렇게 묶음으로 발행된 계산서의 매입세액을 전체 공제받아도 되는지, 아니면 로열티 부분을 분리해서 판단해야 하는지 궁금합니다.